SMK Negeri 1 Atambua memiliki lima Kompetensi Keahlian Yaitu:
- Kompetensi Keahlian Otomatisasi Dan Tata Kelola Perkantoran (OTKP)
- Kompetensi Keahlian Akuntansi Dan Keuangan Lembaga (AKL)
- Kompetensi Keahlian Bisnis Daring Dan Pemasaran (BDP)
- Kompetensi Keahlian Teknik Komputer dan Jaringan (TKJ)
- Kompetensi Keahlian Multimedia (MM)